AMD i Dell wspierają badania bioinformatyczne na UW
Firma AMD ogłosiła, że karty graficzne AMD FirePro S9150 dostarczają ponad 1,5 PetaFlopsa mocy obliczeniowej superkomputerowi Orion zlokalizowanemu w Centrum Sekwencjonowania Nowej Generacji (CSNG), które jest częścią Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego, wspierając m.in. badania bioinformatyczne związane z sekwencjonowaniem nowej generacji (NGS). Klaster Orion składa się ze 150 serwerów Dell PowerEdge R730, z których każdy wyposażony jest w dwie karty graficzne AMD FirePro S9150, co przekłada się na 1,52 PetaFlopsa mocy w obliczeniach pojedynczej precyzji i 0,76 PetaFlopsa w obliczeniach podwójnej precyzji . Ten efektywny energetycznie superkomputer umożliwia przeprowadzanie bardzo szybkich obliczeń stosowanych w badaniach genomicznych i bioinformatycznych, które dzięki wykorzystaniu implementacji OpenCL mogą być realizowane w niezwykle wydajny sposób.
Współpraca z Dell i AMD była niezwykle udana biorąc pod uwagę, że projekt ten realizowany był w tak krótkim czasie — powiedział dr Krzysztof Ginalski, kierownik Centrum Sekwencjonowania Nowej Generacji oraz Laboratorium Bioinformatyki i Biologii Systemów w Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego. — Nowoczesna technologia i wiodące w branży możliwości zarządzania systemami, jakie zapewniają serwery Dell PowerEdge R730 wyposażone w karty graficzne AMD FirePro S9150, sprawiają, że klaster Orion to potężna jednostka oferująca moc, jakiej potrzebujemy do naszych badań. Duża 16-gigabajtowa pojemność pamięci kart graficznych AMD FirePro S9150 umożliwia nam tworzenie oprogramowania wykorzystywanego do zaawansowanych obliczeń bioinformatycznych uruchamianych na pojedynczych akceleratorach GPU. Wybraliśmy system z wieloma kartami GPU aby móc stworzyć efektywną energetycznie i kosztowo konfigurację.
CSNG w Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego to centrum badawcze prowadzące najbardziej zaawansowane badania genomiczne i bioinformatyczne w biologii, medycynie, diagnostyce i terapii. Klaster Orion został zaprojektowany i zbudowany w celu przechowywania i analizy olbrzymich ilości danych generowanych przez sekwenatory funkcjonujące w Centrum. CSNG zarówno samodzielnie jak i we współpracy z innymi ośrodkami realizuje szereg projektów z zakresu genomiki, udostępniając nowoczesną technologię sekwencjonowania środowisku naukowemu oraz branży przemysłowej. Naukowcy z całego świata wykorzystują CSNG do przeprowadzania badań w obszarze genomiki, metagenomiki, epigenetyki i transkryptomiki, co umożliwia im dokonywanie fascynujących odkryć naukowych. Wiele badań bioinformatycznych realizowanych w CSNG wymaga dużej mocy obliczeniowej, którą teraz zapewnia klaster Orion.
